PyMOL免费版是一款能够显示分子三维结构的程序，对于生物学家或者化学家来说，有利于进行分子相关研究。通过直观的图形能够清晰的看到分子变化，将不同的分子结合在一起，记录结果。

软件介绍

PyMOL是一个由用户支持的基于开放源代码的分子可视化系统，由Schrödinger维护和分发。

安装说明

交互式：执行.exe安装程序并按照安装向导进行操作

非交互式(替代)：与Miniconda安装程序等效

start /wait "" PyMOL-2.3.2_0-Windows-x86_64.exe /InstallationType=AllUsers /S /D=C:\Programs\PyMOL

ZIP存档：解压缩并运行PyMOLWin.exe(不创建开始菜单项)

软件特征

1、具有基本样式(颜色，表示形式，标签)的MAE导出

2、具有组层次结构的MAE导出

3、核酸诱变向导

4、具有属性的 MAE导出

5、用RDKit或Schrodinger后端进行立体化学(“立体”)标记(外部依赖关系，设置SCHRODINGER环境变量或使用“ conda install -c rdkit rdkit”将RDKit安装到PyMOL的conda环境中)

6、在对象菜单中分组：A>组> ...

7、从序列查看器更新二级结构：右键单击> ss> ...

8、Atom右键单击>对象>禁用其他

常见问题

1、在具有Intel Graphics的Windows上：颜色褪色(问题#15)

设置precomputed_lighting设置(在PyMOL 2.3.0中已修复)

2、在Linux上无法自动检测到四缓冲立体声

在2.1.0中已修复，请下载新版本。

还要确保您的conda环境的pyqt = 5.6(而不是5.9)。

3、macOS上的面板对接

通过拖动面板的标题栏来取消对接的面板(例如，Builder，Volume Editor)会中断对接。

更新内容

1. APBS插件：通过使用立方体形状的粗网格提高对非球形分子的支持

2. 场景更新：保留消息

3. MAE导入：忽略i_pdb_PDB_serial与Maestro的“发送到PyMOL”表面传输的兼容性